Opera para Linux por defecto añade un irritante tray icon y que en las preferencias no es posible desactivar. Por suerte, es posible pasarle al ejecutable un parámetro para ocultarlo pero que ha de hacerse en cada ejecución. Una opción es crear un acceso directo con la opción, pero resulta más útil modificar el lanzador para que se ejecute desde donde se ejecute (acceso directo, consola, lanzador de aplicaciones…) nunca añada el dichoso iconito. Únicamente hay que modificar la última línea del archivo /usr/bin/opera y dejarla como sigue:

exec "$OPERA_BINARYDIR/opera" -notrayicon "$@"

Eso sí, cada vez que se actualice habrá que volver a modificar el archivo…