Llevo un buen rato para encontrar la solución este dichoso fallo: imposible controlar con JavaScript el reproductor JW FLV Media Player. Al obtener el objeto el método getConfig() no existe y la función playerReady() no se llama. Se debe a que en Linux el reproductor necesita que se indique el parámetro id en la variable flasvars con el ID del objeto en cuestión. De otro modo no se cargará correctamente y no será posible hacer nada con JavaScript para controlarlo. Encontrado en este hilo del foro oficial.