En Eclipse para Linux existe un bug que provoca que la la combinación de teclas para copiar una selección no funcione correctamente, algo bastante problemático.

Después de buscar y trastear dí con la solución: configurar Klipper para que se sincronice con la selección activa, de modo que cualquier cosa seleccionada se copiará al portapapeles. De ese modo no hace falta ni pulsar Ctrl+C en Eclipse, y también facilita las cosas en aplicaciones como Konsole, en donde no es posible utilizar Ctrl+C para copiar.