Llevo un par de días trasteando con la versión 4.1.7 de MySQL, que como ya comenté hace tiempo, tiene importantes mejoras como las subconsultas. Una de las cosas que cambió fué la encriptación de las contraseñas por lo que las aplicaciones que no estén actualizadas para utilizar la nueva versión de MySQL no podrán conectarse al servidor.

La solución es sencilla. Basta con especificar que el usuario deberá tener una contraseña con la encriptación antigua. Podemos ponerle la contraseña al usuario root que por defecto viene sin ella. Para eso necesitaremos utilizar el comando mysql por consola y escribir una vez dentro:
{ko~SET PASSWORD FOR 'root'@'localhost' = OLD_PASSWORD('contraseña');}
Una vez hecho esto podremos acceder desde cualquier software como si fuese un servidor MySQL 4.0.