Mi compañero Luis nos indicaba en Sentido Web cómo simular el rownum de Oracle en MySQL:

SELECT tabla.*, @rownum:=@rownum+1 AS 'rownum'
FROM tabla, (SELECT @rownum:=0) r

El problema aparece cuando se quiere hacer un UPDATE asignando el valor de rownum a un campo cuando se necesita un ORDER BY, ya que MySQL no permite usar orden en las consultas de actualización cuando se usan 2 tablas.

La solución pasa por definir previamente una variable que se vaya actualizando para cada fila para la que se realize el UPDATE:

SET @rownum=0;
UPDATE tabla SET campo1=@rownum:=@rownum+1 ORDER BY campo2